恭喜西北工業大學呼加璐獲國家專利權
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龍圖騰網恭喜西北工業大學申請的專利一種基于線性混合模型的基因調控網絡推斷方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN115831228B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-05-16發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202211571759.6,技術領域涉及:G16B25/10;該發明授權一種基于線性混合模型的基因調控網絡推斷方法是由呼加璐;廉斌;張浩暉;尚學群設計研發完成,并于2022-12-08向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種基于線性混合模型的基因調控網絡推斷方法在說明書摘要公布了:本發明公開了一種基于線性混合模型的基因調控網絡推斷方法,輸入是單細胞基因表達數據,可以將其用均值、隨機效應和噪聲表示,隨機效應和噪聲都是矩陣隨機變量,服從矩陣正態分布;再通過參數估計得到行協方差矩陣,用以表示基因間的相關性;本發明大大提高了計算效率,并能得到更可靠、可擴展和更具魯棒性的下游分析。
本發明授權一種基于線性混合模型的基因調控網絡推斷方法在權利要求書中公布了:1.一種基于線性混合模型的基因調控網絡推斷方法,其特征在于,包括如下步驟:步驟1:使用線性混合模型表示基因表達數據:Y=M+G+E;G~MNp×n0,Vg,K,E~MNp×n0,Ve,In×n,1其中,Y是p×n維的預處理后的基因表達矩陣,p是基因的數量,n是細胞的數量;矩陣M代表Y的均值,矩陣M中的值Mij表示第i個基因在每個細胞中表達的平均值,因此M每列的元素相同;G是一個p×n維的隨機效應矩陣變量,服從矩陣正態分布,均值為0,行協方差矩陣表示為p×p維的Vg,Vg表示基因之間相關性,列協方差矩陣是一個已知的n×n維的矩陣K,表示細胞與細胞間表達的相關性,能夠通過先驗信息計算得到;E是p×n維的噪聲矩陣,均值為0,行協方差矩陣表示為p×p維的Ve,列協方差矩陣是單位矩陣;步驟2:將Y中減去均值,即用表示Y的方差部分步驟3:對矩陣K進行特征分解,即其中Uk是n×n維的特征向量正交矩陣,Dk是n×n維的由相應特征值填充的對角矩陣;步驟4:對矩陣Y、G、E進行轉換并向量化: g=vecGUk,e=vecEUk,vec表示向量化,即把每列按順序連接成一個向量;步驟5:線性混合模型變為: 其中,MVN表示多元正態分布,表示克羅內克積;對于每個細胞i,有:yi=gi+ei;gi~MVN0,δiVg,ei~MVN0,Ve,3其中,Vg和Ve是未知的參數;步驟6:似然函數推導;為了求解未知參數Vg和Ve,首先推導出對數似然函數,然后用PX-EM算法對其進行估計;步驟6-1:似然函數: 其中lyi|gi,Vg,Ve是y中第i個細胞的似然函數,lgi|Vg,Ve是g的第i個細胞的似然函數;步驟6-2:將式4和5相乘,有: 其中,lyi,gi|Vg,Ve是聯合似然函數;對式6做log轉換: 步驟6-3:將得到的每個細胞的聯合似然函數整合: 最后使用PX-EM算法估計參數Vg直到達到收斂條件。
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