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龍圖騰網恭喜云南省農業科學院農業環境資源研究所申請的專利一種基于轉錄組數據的microRNA預測方法及系統獲國家發明授權專利權，本發明授權專利權由國家知識產權局授予，授權公告號為：CN117198409B 。

龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-05-23發布的發明授權授權公告中獲悉：該發明授權的專利申請號/專利號為：202311189496.7，技術領域涉及：G16B50/00；該發明授權一種基于轉錄組數據的microRNA預測方法及系統是由劉瑩;諶愛東;胡文斌;尹艷瓊;趙雪晴;李向永;陳福壽;張紅梅;王燕設計研發完成，并于2023-09-15向國家知識產權局提交的專利申請。

本一種基于轉錄組數據的microRNA預測方法及系統在說明書摘要公布了：本發明涉及生物技術領域，尤其是一種基于轉錄數據的microRNA預測方法及系統，其中，所述基于轉錄組數據的microRNA預測方法，包括如下步驟：獲取目標生物的轉錄組數據；利用所述非冗余蛋白數據庫從轉錄組數據集中篩選出非蛋白編碼序列；從所述非蛋白編碼序列上滑動截取多個microRNA預測候選前體序列；利用現有microRNA成熟體序列篩選microRNA前體序列，并利用現有microRNA成熟體序列結合所述microRNA前體序列的二級結構，從microRNA前體序列篩選出所述目標生物在不同成長階段的microRNA成熟序列。本發明利用轉錄組數據充分結合已知的蛋白編碼序列和microRNA成熟體序列，實現了對目標生物在不同成長階段的microRNA精準預測，為生物學研究和基因調控網絡的探索提供了強大的工具。

本發明授權一種基于轉錄組數據的microRNA預測方法及系統在權利要求書中公布了：1.一種基于轉錄組數據的microRNA預測方法，其特征在于，所述基于轉錄組數據的microRNA預測方法，包括如下步驟：獲取目標生物在一個或者多個成長階段的轉錄組數據；獲取非冗余蛋白數據庫，并利用所述非冗余蛋白數據庫從轉錄組數據集中篩選出非蛋白編碼序列；設置距離劃窗和截取窗口，并以所述距離劃窗的長度為滑動單位，利用所述截取窗口在所述非蛋白編碼序列上滑動截取多個microRNA預測候選前體序列；獲取現有microRNA成熟體序列，并通過所述microRNA預測候選前體序列結合所述現有microRNA成熟體序列，獲得microRNA成熟體序列標記；根據所述現有microRNA成熟體序列，在所述microRNA預測候選前體序列中篩選出microRNA前體序列；構建所述microRNA前體序列的二級結構，并獲取所述二級結構的最小自由能和最小自由能系數；設定最小自由能閾值和最小自由能系數閾值，并結合所述最小自由能和所述最小自由能系數，從所述microRNA前體序列中篩選出目標microRNA前體序列；利用所述microRNA成熟體序列標記匹配所述目標microRNA前體序列，獲得所述目標生物在不同成長階段的microRNA成熟序列；所述獲取所述二級結構的最小自由能和最小自由能系數，包括如下步驟：分別搭建最小自由能模型和最小自由能系數模型，所述最小自由能模型和所述最小自由能系數模型分別為： ， ，其中，表示二級結構的最小自由能，表示二級結構的最小自由能系數，i和j均表示microRNA前體序列中堿基位置，表示microRNA前體序列中第i個位置處的堿基與第j個位置處的堿基之間的能量，表示microRNA前體序列中第i個位置處的堿基與第j個位置處的堿基之間的配對指示函數，當microRNA前體序列中第i個位置處的堿基與第j個位置處的堿基能配對，=1，當microRNA前體序列中第i個位置處的堿基與第j個位置處的堿基不能配對，=0，表示microRNA前體序列中第i個位置處堿基能量，表示microRNA前體序列中第i個位置處堿基的穩定指示函數，當microRNA前體序列中第i個位置處堿基處于穩定狀態，=1，當microRNA前體序列中第i個位置處堿基處于非穩定狀態，=0，R表示理想氣體常數，T表示絕對溫度，表示預測二級結構中的堿基數目，表示microRNA前體序列中堿基和堿基的數目，，表示microRNA前體序列中堿基G、堿基C、堿基A和堿基U的數目；利用所述最小自由能模型和所述最小自由能系數模型，分別獲得所述二級結構對應的最小自由能和最小自由能系數；所述距離劃窗的長度范圍包括18nt至25nt，所述截取窗口的長度至少為120nt；設置所述距離劃窗的長度為25nt，設置所述截取窗口的長度為120nt；以所述距離劃窗的長度為滑動單位，利用所述截取窗口在所述非蛋白編碼序列上滑動截取多個microRNA預測候選前體序列，任一個microRNA預測候選前體序列，滿足如下計數模型： ，其中，，， 表示正整數，表示非蛋白編碼序列所包含的核苷酸總數，表示從非蛋白編碼序列上獲得的第i條microRNA預測候選前體序列，所述第i條microRNA預測候選前體序列包括非蛋白編碼序列中第個核苷酸至第個核苷酸；所述利用所述非冗余蛋白數據庫從轉錄組數據集中篩選出非蛋白編碼序列，包括如下步驟：組裝轉錄組數據集中的轉錄數據，獲得多條非重復連續序列；比對所述非冗余蛋白數據庫中已知蛋白編碼序列和所述非重復連續序列，獲得所述非重復連續序列中與所述已知蛋白編碼序列相似的編碼區域，并計算所述編碼區域中的序列與已知蛋白編碼序列的相似度；設置相似度閾值，并通過所述相似度和所述相似度閾值的比較，判斷所述非重復連續序列為非蛋白編碼序列或者蛋白編碼序列；所述通過所述microRNA預測候選前體序列結合所述現有microRNA成熟體序列，獲得microRNA成熟體序列標記，包括如下步驟：比對所述現有microRNA成熟體序列和所述microRNA預測候選前體序列，獲得具有比對位點的microRNA預測候選前體序列；根據所述具有比對位點的microRNA預測候選前體序列，標記與比對位點序列相似的microRNA成熟體序列作為microRNA成熟體序列標記；所述利用所述microRNA成熟體序列標記匹配所述目標microRNA前體序列，獲得所述目標生物在不同成長階段的microRNA成熟序列，包括如下步驟：利用所述microRNA成熟體序列標記所對應的microRNA成熟體序列，匹配所述目標microRNA前體序列的二級結構中stem區域的序列；根據匹配結果，獲得所述目標生物在不同成長階段的microRNA成熟序列。

如需購買、轉讓、實施、許可或投資類似專利技術，可聯系本專利的申請人或專利權人云南省農業科學院農業環境資源研究所，其通訊地址為：650205 云南省昆明市盤龍區北京路2238號；或者聯系龍圖騰網官方客服，聯系龍圖騰網可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網”。