恭喜魯東大學劉兆旗獲國家專利權(quán)
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龍圖騰網(wǎng)恭喜魯東大學申請的專利一種基于局部圖特征與全局關(guān)系的分子性質(zhì)預測方法獲國家發(fā)明授權(quán)專利權(quán),本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國家知識產(chǎn)權(quán)局授予,授權(quán)公告號為:CN119339827B 。
龍圖騰網(wǎng)通過國家知識產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-05-23發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉:該發(fā)明授權(quán)的專利申請?zhí)?專利號為:202411873944.X,技術(shù)領(lǐng)域涉及:G16C20/20;該發(fā)明授權(quán)一種基于局部圖特征與全局關(guān)系的分子性質(zhì)預測方法是由劉兆旗;周樹森;王慶軍;臧睦君;劉通;柳嬋娟設(shè)計研發(fā)完成,并于2024-12-19向國家知識產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請。
本一種基于局部圖特征與全局關(guān)系的分子性質(zhì)預測方法在說明書摘要公布了:本發(fā)明屬于生物信息學領(lǐng)域,涉及一種基于局部圖特征與全局關(guān)系的分子性質(zhì)預測方法,其中包括深度學習、對比學習、圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)等技術(shù)。首先,進行數(shù)據(jù)處理,準備輸入數(shù)據(jù),并構(gòu)建分子圖的初始表示。其次,通過局部拓撲結(jié)構(gòu)特征網(wǎng)絡(luò)提取分子圖的局部特征,聚焦于分子中原子及其鄰接關(guān)系的局部信息。然后,利用全局注意網(wǎng)絡(luò)對分子圖進行全局特征提取,捕捉分子間的全局依賴關(guān)系和長程交互。最后,通過特征融合將局部特征和全局特征結(jié)合,并進行最終的預測。該方法通過雙分支網(wǎng)絡(luò)架構(gòu),既能夠關(guān)注分子內(nèi)部局部結(jié)構(gòu)的細節(jié),又能夠捕捉分子間的全局相互關(guān)系,從而為分子屬性的預測提供了更加全面和精準的特征表示。
本發(fā)明授權(quán)一種基于局部圖特征與全局關(guān)系的分子性質(zhì)預測方法在權(quán)利要求書中公布了:1.一種基于局部圖特征與全局關(guān)系的分子性質(zhì)預測方法,包括四個步驟,具體步驟如下:步驟1、首先,使用Chem.MolFromSmiles函數(shù)將SMILES字符串轉(zhuǎn)化為分子對象,調(diào)用atom_features函數(shù)提取原子特征,并通過獨熱編碼進行數(shù)值化;然后,通過全連接層對邊特征進行嵌入,得到高維特征表示,并調(diào)整維度以適配圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的輸入要求;接著,提取每條化學鍵的特征,并通過get_edge_features函數(shù)獲取邊類型,進行獨熱編碼,最終結(jié)合節(jié)點和邊特征提供高質(zhì)量的圖結(jié)構(gòu)輸入數(shù)據(jù);步驟2、基于步驟1生成的分子圖,使用圖同構(gòu)網(wǎng)絡(luò)進行特征提取,并通過注意力機制捕捉遠距離節(jié)點間的關(guān)系;圖同構(gòu)網(wǎng)絡(luò)簡稱為GIN;數(shù)據(jù)通過三層GIN網(wǎng)絡(luò)逐層提取局部圖特征,每層輸入特征維度與邊特征維度相匹配;第一層將節(jié)點特征從93維映射到512維,第二層擴展到1024維,第三層回縮至512維;每層使用ELU激活函數(shù),并通過邊特征增強節(jié)點交互;引入多頭注意力機制捕捉長距離節(jié)點關(guān)系,最后通過全局平均池化聚合節(jié)點特征為512維圖級特征;步驟3、基于步驟1生成的分子圖數(shù)據(jù),使用圖注意力網(wǎng)絡(luò)進行特征提取,并捕捉全局關(guān)系;圖注意力網(wǎng)絡(luò)簡稱為GAT;首先,對數(shù)據(jù)進行歸一化處理,再通過兩個全連接層對邊特征和節(jié)點特征進行對齊;數(shù)據(jù)經(jīng)過兩層GAT網(wǎng)絡(luò),第一層將節(jié)點特征從93維映射至512維,使用10個注意力頭,ELU激活函數(shù)和Dropout防止過擬合;第二層將節(jié)點特征從512×10映射回512維,再次使用ELU和Dropout;最后,通過多頭注意力機制捕捉全局節(jié)點關(guān)系,并通過全局池化層聚合為圖級特征;步驟4、利用GIN和GAT提取局部和全局特征,生成節(jié)點級或圖級表示,維度為512;然后,通過加權(quán)機制將圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)提取的圖特征與分子指紋特征融合,確保兩種特征互補;加權(quán)系數(shù)在訓練過程中進行優(yōu)化,并能夠動態(tài)調(diào)整;引入注意力機制,根據(jù)每個特征對最終預測的貢獻度動態(tài)調(diào)整圖特征與指紋特征的融合比例;最后,將融合后的特征向量輸入至三個全連接層,經(jīng)過線性變換、ReLU激活和Dropout處理,最終輸出分子性質(zhì)預測值。
如需購買、轉(zhuǎn)讓、實施、許可或投資類似專利技術(shù),可聯(lián)系本專利的申請人或?qū)@麢?quán)人魯東大學,其通訊地址為:264025 山東省煙臺市芝罘區(qū)紅旗中路186號;或者聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)官方客服,聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網(wǎng)”。
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