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恭喜南京農業大學江高飛獲國家專利權

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龍圖騰網恭喜南京農業大學申請的專利一種群體感應先導化合物的虛擬篩選方法及應用獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN116189759B

龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-05-06發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202310234744.9,技術領域涉及:G16B15/30;該發明授權一種群體感應先導化合物的虛擬篩選方法及應用是由江高飛;薛衛;張家璇;劉佐;韋中;徐陽春;沈其榮設計研發完成,并于2023-03-13向國家知識產權局提交的專利申請。

一種群體感應先導化合物的虛擬篩選方法及應用在說明書摘要公布了:本發明公開了一種群體感應先導化合物的虛擬篩選方法,主要流程包括:輸入的分子化合物結構通過預處理構建分子鄰接矩陣,送入GNN1網絡生成化合物特征;輸入的蛋白質序列,提取其蛋白質氨基酸組成、二肽頻率組合成蛋白質初步特征向量,送入交叉網絡,生成交叉融合特征;同時,將蛋白質序列生成對應的接觸圖,隨后送入GNN2網絡生成蛋白序列特征;最終將三個特征組合送入全連接層預測得到親和力值。本發明可用于發現新的具有群體感應活性的化合物,為青枯菌等細菌的控制和防治提供新的思路和手段;同時該方法可以高效地篩選出與PhcA和PhcR蛋白結合的化合物,從而發現具有群體感應活性的化合物。

本發明授權一種群體感應先導化合物的虛擬篩選方法及應用在權利要求書中公布了:1.一種群體感應先導化合物的虛擬篩選方法,其特征在于,將分子化合物結構、蛋白質序列作為輸入送入預處理模塊提取初步特征,再將其送入預測模型網絡,其中預測模型的結構及參數通過LSTM控制器訓練生成;具體流程如下:輸入的分子化合物結構通過預處理構建分子鄰接矩陣,送入GNN1網絡生成化合物特征;輸入的蛋白質序列,提取其蛋白質氨基酸組成、二肽頻率組合成蛋白質初步特征向量,送入交叉網絡,生成交叉融合特征;同時,將蛋白質序列生成對應的接觸圖,隨后送入GNN2網絡生成蛋白序列特征;最終將三個特征組合送入全連接層預測得到親和力值;所述預測模型網絡由GNN1網絡、GNN2網絡、交叉網絡并聯組成,合并后送入一個拼接層和DROPOUT層,再接上兩個全連接層;所述交叉網絡由5個交叉層串聯組成,最后接一個128維全連接層,全連接層輸出為f3,每個交叉層具有以下公式: C l+1 =C 0 C T l W c,l +b c,l +C l 其中:l=1,2,…,5,Cl和Cl+1分別是第l層和第l+1層crosslayer的輸出,C0即氨基酸組成、二肽頻率的組合X3,X3作為交叉網絡輸入,Wc,l和bc,l是這兩層之間的連接參數;上式中所有的變量均是列向量;每一層的輸出,都是上一層的輸出加上特征交叉;所述分子鄰接矩陣、蛋白質接觸圖被分別輸入到兩個不同的GNN1和GNN2網絡,每個網絡由3個GNN層組成,兩個GNN網絡的輸出特征為,再加上交叉融合特征,拼接后為,得到用于預測的相應小分子-蛋白質對的總體特征;隨后送入一個全連接層,輸出維度為128,接著送入第二個全連接層,輸出維度為1,即網絡預測的親和力值。

如需購買、轉讓、實施、許可或投資類似專利技術,可聯系本專利的申請人或專利權人南京農業大學,其通訊地址為:210095 江蘇省南京市玄武區衛崗1號;或者聯系龍圖騰網官方客服,聯系龍圖騰網可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網”。

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