恭喜上海交通大學李培瑩獲國家專利權
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龍圖騰網恭喜上海交通大學申請的專利一種基于深度雙向神經網絡的蛋白質配體結合位點檢測方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN114783516B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-05-30發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202210411341.2,技術領域涉及:G16B20/30;該發明授權一種基于深度雙向神經網絡的蛋白質配體結合位點檢測方法是由李培瑩;曹博恒;涂仕奎;徐雷設計研發完成,并于2022-04-19向國家知識產權局提交的專利申請。
本一種基于深度雙向神經網絡的蛋白質配體結合位點檢測方法在說明書摘要公布了:本發明提供一種基于深度雙向神經網絡的蛋白質配體結合位點檢測方法,包括:提取蛋白質特征信息;將所述蛋白質特征信息,輸入引入反饋連接機制的循環的深度雙向神經網絡,獲得最終特征;將所述最終特征輸入卷積神經網絡執行檢測,得到蛋白質配體結合位點的概率分布。本發明通過引入反饋連接機制,將單向的深度卷積神經網絡改進為循環的深度雙向神經網絡,提升了蛋白質配體結合位點檢測性能。其中,反饋連接能夠對蛋白質3D結構的表示學習進行動態改進。它有助于編碼器更多地關注可能的位點,而不是蛋白質本身的復雜結構。而接近預測輪廓的二進制體素級別屏蔽可以去除可能由反饋連接引起的噪聲模式,進一步提升檢測效果。
本發明授權一種基于深度雙向神經網絡的蛋白質配體結合位點檢測方法在權利要求書中公布了:1.一種基于深度雙向神經網絡的蛋白質配體結合位點檢測方法,其特征在于,包括:提取蛋白質特征信息;將所述蛋白質特征信息,輸入引入反饋連接機制的循環的深度雙向神經網絡,獲得最終特征,包括:編碼器路徑:使用所述深度雙向神經網絡的編碼器路徑進行特征抽取,獲取特征;解碼器路徑:將所述特征輸入所述深度雙向神經網絡的解碼器路徑,并與所述編碼器路徑傳輸來的跳躍連接融合,進行特征的降維;循環所述編碼器路徑和所述解碼器路徑的過程,并在所述編碼器路徑引入上一循環中解碼器路徑傳輸來的過濾后的反饋連接并進行融合;將所述最終特征輸入卷積神經網絡執行檢測,得到蛋白質配體結合位點的概率分布;其中:所述反饋連接經過體素級別屏蔽過濾后傳遞到對應的編碼器模塊中,包括:預測:將解碼器路徑最終的輸出沿通道維度進行自我復制拼接,進行一次虛擬的蛋白質配體結合位點預測,并將結果以0.5的概率閾值二值化,作為預測結果;過濾:將所述預測結果進行降采樣,作為掩碼對解碼器路徑傳遞到編碼器路徑的每一條反饋連接進行過濾。
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