恭喜吉林大學田圃獲國家專利權
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龍圖騰網恭喜吉林大學申請的專利有向無環泛基因組圖上的疊瓦譜隱馬爾可夫序列比對方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN119626335B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-05-16發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202510162480.X,技術領域涉及:G16B30/10;該發明授權有向無環泛基因組圖上的疊瓦譜隱馬爾可夫序列比對方法是由田圃;賴瀟;欒海鑫設計研發完成,并于2025-02-14向國家知識產權局提交的專利申請。
本有向無環泛基因組圖上的疊瓦譜隱馬爾可夫序列比對方法在說明書摘要公布了:本發明公開了序列比對技術領域的有向無環泛基因組圖上的疊瓦譜隱馬爾可夫序列比對方法,步驟如下:對有向無環泛基因組圖進行比對前預處理獲得Viterbi圖,訓練圖和比對參考圖,然后將比對參考圖中最長的比對參考路徑的長度作為疊瓦譜隱馬爾可夫模型的匹配狀態數量,在初始化該模型參數和各個節點的疊瓦寬度后在訓練圖上進行訓練,獲得疊瓦譜隱馬爾可夫模型,當需要多序列比對時,在該模型上使用基于虛擬節點概率計算的維特比解碼算法,在Viterbi圖上計算出每個序列在疊瓦譜隱馬爾可夫模型中的最可能狀態路徑,根據狀態路徑確定序列中各個位置的比對關系,從而完成多序列比對,本發明大幅度減小了序列比對的計算時間和存貯空間需求。
本發明授權有向無環泛基因組圖上的疊瓦譜隱馬爾可夫序列比對方法在權利要求書中公布了:1.有向無環泛基因組圖上的疊瓦譜隱馬爾可夫序列比對方法,其特征在于,步驟如下:S1、對有向無環泛基因組圖依次經過片段長度減小、簡并堿基節點和低權重節點去除的比對前預處理,獲得Viterbi圖、訓練圖和比對參考圖;S2、將比對參考圖中最長的比對參考路徑的長度作為疊瓦譜隱馬爾可夫模型的匹配狀態數量,在初始化該模型參數和各個節點的疊瓦寬度后在訓練圖上進行訓練,獲得疊瓦譜隱馬爾可夫模型,其中,最大非參考路徑節點匹配范圍和參考路徑上的經驗窗口之和即為疊瓦寬度;S3、在獲得疊瓦譜隱馬爾可夫模型后使用基于虛擬節點概率計算的維特比解碼算法,在Viterbi圖上計算出每個序列在疊瓦譜隱馬爾可夫模型中的最可能狀態路徑,根據狀態路徑確定序列中各個位置的比對關系,從而完成多序列比對;步驟S2中,疊瓦譜隱馬爾可夫模型使用exp-3,exp-5和exp-7三個不同的平滑參數,平滑使用的公式如下: ;其中,對選定的一組有n個可能性的變量,pi是第i種可能性的概率,pj是第j種可能性的概率,ci是第i種可能性的平滑參數,cj是第j種可能性的平滑參數,則是更新后的概率。
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