恭喜生命科技股份有限公司S·薩達獲國家專利權
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龍圖騰網恭喜生命科技股份有限公司申請的專利用于評估微生物群體的組合物和方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN115176032B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-05-13發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202080082093.0,技術領域涉及:C12Q1/686;該發明授權用于評估微生物群體的組合物和方法是由S·薩達;A·麥克吉齊;R·哥蒂姆卡拉;D·馬力歐;H·欣;A·埃維因;W·李;B·吉烏斯;F·海蘭;J·奧陽設計研發完成,并于2020-10-09向國家知識產權局提交的專利申請。
本用于評估微生物群體的組合物和方法在說明書摘要公布了:本公開提供了組合物和方法,以及包含所述組合物和方法的組合、試劑盒和系統,用于樣品,具體地說,生物樣品中的核酸的擴增、檢測、表征、評估、剖析和或測量。本文提供的組合物和方法包含用于選擇性擴增的微生物種靶特異性核酸引物的組合和或用于擴增來自一大群分類學相關微生物的核酸的引物的組合。在一方面,使用所述組合物和方法獲得的經擴增的核酸可用于各種過程,包含核酸測序,并用于檢測微生物種的存在和評估各種樣品中的微生物群體。根據教導和原理,提供了新的方法、系統和非暫時性機器可讀存儲介質來壓縮參考序列數據庫,所述參考序列數據庫用于映射序列讀段以用于微生物群體的分析和剖析。
本發明授權用于評估微生物群體的組合物和方法在權利要求書中公布了:1.一種系統,其包括:機器可讀存儲器;和處理器,所述處理器被配置成執行機器可讀指令,所述機器可讀指令當由所述處理器執行時使所述系統執行方法,所述方法包括:接收多個核酸序列讀段,其中所述序列讀段包含多個16S序列讀段;第一次將所述多個16S序列讀段映射到多個壓縮的16S參考序列,其中每個壓縮的16S參考序列包含用于種的對應菌株的高變節段集,其中對16SrRNA基因序列數據庫中含有的全長16SrRNA基因序列應用計算機PCR模擬,基于16S引物池中的引物生成壓縮的16S參考序列;生成含有映射到所述高變節段集中的每個高變節段的16S序列讀段的讀段計數的讀段計數矩陣,其中所述讀段計數矩陣的行對應于種的菌株并且列對應于所述高變節段;通過對所述讀段計數應用取閾值來縮減所述讀段計數矩陣,以形成縮減的讀段計數矩陣;基于使用所述縮減的讀段計數矩陣從全長16S參考序列的數據庫選擇相應的全長16S參考序列壓縮全長16S參考序列的數據庫以形成全長16S參考序列的縮減集,全長16S參考序列的所述縮減集存儲在存儲器中;第二次將所述多個16S序列讀段映射到全長16S參考序列的所述縮減集;對映射到全長16S參考序列的所述縮減集中的每個全長參考的16S序列讀段進行計數,以形成第二讀段計數集;將所述第二讀段計數集中的讀段計數歸一化,以形成歸一化計數;針對給定水平聚合所述歸一化計數以形成聚合計數,其中所述給定水平是種水平、屬水平或科水平;以及對所述聚合計數應用閾值以檢測樣品中給定水平的微生物的存在。
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