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龍圖騰網(wǎng)恭喜浙江大學(xué)申請(qǐng)的專利一種基于毒力基因的環(huán)境病原菌高通量識(shí)別及定量方法獲國(guó)家發(fā)明授權(quán)專利權(quán)，本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局授予，授權(quán)公告號(hào)為：CN118086518B 。

龍圖騰網(wǎng)通過(guò)國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-05-06發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉：該發(fā)明授權(quán)的專利申請(qǐng)?zhí)?專利號(hào)為：202410208743.1，技術(shù)領(lǐng)域涉及：C12Q1/6888；該發(fā)明授權(quán)一種基于毒力基因的環(huán)境病原菌高通量識(shí)別及定量方法是由逯慧杰;亓勝春;李丹;俞萍鋒;柴文波;汪培良設(shè)計(jì)研發(fā)完成，并于2024-02-26向國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請(qǐng)。

本一種基于毒力基因的環(huán)境病原菌高通量識(shí)別及定量方法在說(shuō)明書摘要公布了：本發(fā)明公開(kāi)了一種基于毒力基因的環(huán)境病原菌高通量識(shí)別及定量方法，屬于宏基因組分析方法領(lǐng)域。可基于環(huán)境樣品DNA的二代或三代宏基因組測(cè)序結(jié)果，結(jié)合毒力基因比對(duì)，精確識(shí)別病原菌，并進(jìn)一步對(duì)其進(jìn)行定量。該方法針對(duì)的是土壤、水體等環(huán)境樣品中賦存廣泛但豐度較低的人畜共患病原菌，目前基于物種比對(duì)的病原菌識(shí)別與定量方法存在準(zhǔn)確性低等問(wèn)題。本發(fā)明為高通量識(shí)別和定量環(huán)境樣品中的人畜共患病原菌提供了一種方法，在環(huán)境病原菌風(fēng)險(xiǎn)評(píng)價(jià)與防控方面具有較高應(yīng)用價(jià)值。

本發(fā)明授權(quán)一種基于毒力基因的環(huán)境病原菌高通量識(shí)別及定量方法在權(quán)利要求書中公布了：1.一種基于毒力基因的環(huán)境病原菌高通量識(shí)別及定量方法，其特征在于，具體步驟如下：S1：提取目標(biāo)環(huán)境樣品的總DNA，并進(jìn)行二代或三代宏基因組測(cè)序，對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控和過(guò)濾，得到干凈讀段；S2：采用物種識(shí)別工具對(duì)步驟S1中的干凈讀段進(jìn)行物種識(shí)別，得到第一物種集合；所述第一物種集合中每條微生物物種信息包括物種分類編號(hào)、物種名稱和讀段數(shù)；采用宏基因組組裝軟件對(duì)步驟S1中的干凈讀段進(jìn)行拼接后，形成重疊群文件；再將重疊群文件重新輸入物種識(shí)別工具進(jìn)行物種識(shí)別，得到第二物種集合；所述第二物種集合中每條微生物物種信息包括重疊群編號(hào)、物種分類編號(hào)、物種名稱和讀段數(shù)；S3：基于物種分類編號(hào)和物種名稱，對(duì)第一物種集合和第二物種集合進(jìn)行匹配，由同時(shí)存在于第一物種集合和第二物種集合中的微生物物種組成第三物種集合；所述第三物種集合中每條微生物物種信息包括重疊群編號(hào)、物種分類編號(hào)、物種名稱和讀段數(shù)；S4：采用毒力基因比對(duì)識(shí)別工具，對(duì)步驟S2中獲得的重疊群文件中的所有重疊群進(jìn)行毒力基因識(shí)別，從而得到毒力基因集合；所述毒力基因集合中的每條毒力基因信息包括毒力基因名稱及其對(duì)應(yīng)的重疊群編號(hào)；S5：基于重疊群編號(hào)，將步驟S3中獲得的第三物種集合和步驟S4得到的毒力基因集合進(jìn)行匹配，篩選出第三物種集合中存在毒力基因的物種，統(tǒng)計(jì)其總讀段數(shù)和所含毒力基因數(shù)目，并計(jì)算比值R；若該物種含有核心毒力基因集合中的核心毒力基因，且比值R大于等于閾值，則判斷為病原菌； S6：病原菌相對(duì)豐度通過(guò)該病原菌總讀段數(shù)占樣本總讀段數(shù)的比例得到；R的閾值為3.64E-06，其為113種、4140株典型環(huán)境病原菌R值的最小值；若R大于等于3.64E-06，且物種含有核心毒力基因，則判斷為病原菌；所述核心毒力基因集合的確定方法如下：將病原菌毒力因子數(shù)據(jù)庫(kù)VFDB中的毒力因子和非病原菌蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)，使用BLAST基于RBH的方法進(jìn)行氨基酸序列比對(duì)；某個(gè)毒力因子在非病原菌中具有一種或多種直系同源蛋白，則該毒力因子被鑒定為一種既存在于病原菌也存在于非病原菌中的非特異性毒力因子；若某個(gè)毒力因子僅存在于病原菌中，則為病原菌特異性毒力因子；若某類毒力因子中特異性毒力因子占比高于非特異性毒力因子，則將該類毒力因子的所有毒力基因判斷為核心毒力基因，所有核心毒力基因組成核心毒力基因集合。

如需購(gòu)買、轉(zhuǎn)讓、實(shí)施、許可或投資類似專利技術(shù)，可聯(lián)系本專利的申請(qǐng)人或?qū)＠麢?quán)人浙江大學(xué)，其通訊地址為：310058 浙江省杭州市西湖區(qū)余杭塘路866號(hào)；或者聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)官方客服，聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網(wǎng)”。