恭喜浙江大學杭州國際科創中心張強獲國家專利權
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龍圖騰網恭喜浙江大學杭州國際科創中心申請的專利基于氨基酸知識圖譜和主動學習的蛋白質改造方法獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN114678060B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-04-29發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202210121706.8,技術領域涉及:G16B5/00;該發明授權基于氨基酸知識圖譜和主動學習的蛋白質改造方法是由張強;秦銘;宮志晨;陳華鈞設計研發完成,并于2022-02-09向國家知識產權局提交的專利申請。
本基于氨基酸知識圖譜和主動學習的蛋白質改造方法在說明書摘要公布了:本發明公開了一種基于氨基酸知識圖譜和主動學習的蛋白質改造方法,包括:基于氨基酸的生化屬性構建氨基酸知識圖譜;結合氨基酸知識圖譜對蛋白質數據進行數據增強,得到蛋白質增強數據并進行表示學習,得到第一蛋白質增強表示;利用預訓練蛋白質模型對蛋白質數據,或蛋白質數據和氨基酸知識圖譜進行表示學習,得到第二蛋白質增強表示;綜合第一蛋白質增強表示和第二蛋白質增強表示,得到蛋白質增強表示;以蛋白質增強表示作為樣本,采用主動學習從樣本中篩選代表性樣本并進行蛋白質性質的人工標注,利用人工標注的代表性樣本訓練蛋白質性質預測模型;利用蛋白質性質預測模型進行蛋白質改造,能夠實現對蛋白質的快速準確改造。
本發明授權基于氨基酸知識圖譜和主動學習的蛋白質改造方法在權利要求書中公布了:1.一種基于氨基酸知識圖譜和主動學習的蛋白質改造方法,其特征在于,包括以下步驟:步驟1,基于氨基酸的生化屬性構建氨基酸知識圖譜,其中每個三元組為(氨基酸、關系、生化屬性值),關系為氨基酸與生化屬性值之間的關系;步驟2,結合氨基酸知識圖譜對蛋白質數據進行數據增強,包括:針對每條蛋白質數據中的每個氨基酸,從氨基酸知識圖譜中找到包含氨基酸的三元組,并將三元組中氨基酸對應的生化屬性作為新節點連接到蛋白質結構中,同時將生化屬性值作為新節點的屬性值,連接有生化屬性值的蛋白質數據為蛋白質增強數據,對得到的蛋白質增強數據進行表示學習,得到第一蛋白質增強表示;步驟3,利用預訓練蛋白質模型對蛋白質數據,或蛋白質數據和氨基酸知識圖譜進行表示學習,得到第二蛋白質增強表示,其中利用預訓練蛋白質模型對蛋白質數據和氨基酸知識圖譜進行表示學習時,以氨基酸知識圖譜中三元組(氨基酸、關系、生化屬性值)作為預訓練蛋白質模型的token級的額外信息,聯合作為輸入的蛋白質數據一起進行表示學習,以得到第二蛋白質增強表示;步驟4,綜合第一蛋白質增強表示和第二蛋白質增強表示,得到蛋白質增強表示;步驟5,以蛋白質增強表示作為樣本,采用主動學習從樣本中篩選代表性樣本并進行蛋白質性質的人工標注,利用人工標注的代表性樣本訓練蛋白質性質預測模型;步驟6,利用蛋白質性質預測模型進行蛋白質改造。
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