恭喜金鳳實驗室王崢獲國家專利權
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龍圖騰網恭喜金鳳實驗室申請的專利單細胞轉錄組數據預處理方法、電子設備及存儲介質獲國家發明授權專利權,本發明授權專利權由國家知識產權局授予,授權公告號為:CN116913389B 。
龍圖騰網通過國家知識產權局官網在2025-05-23發布的發明授權授權公告中獲悉:該發明授權的專利申請號/專利號為:202310673000.7,技術領域涉及:G16B40/00;該發明授權單細胞轉錄組數據預處理方法、電子設備及存儲介質是由王崢設計研發完成,并于2023-06-07向國家知識產權局提交的專利申請。
本單細胞轉錄組數據預處理方法、電子設備及存儲介質在說明書摘要公布了:本申請提供一種單細胞轉錄組數據預處理方法、電子設備及存儲介質。方法包括:獲取用戶上傳的基于單細胞組學產生的第一數據集;基于過濾細胞的指標數據,對第一數據集進行過濾,得到第二數據集,指標數據包括與UMI計數、特征基因計數、線粒體基因百分比和β?action表達分別對應的閾值范圍;調用批效應消除工具,對第二數據集進行批效應消除,得到第三數據集;通過DoubletFinder工具,對第三數據集進行雙胞剔除,得到經過預處理而得到的結果數據集。本方案支持tsv、txt、csv、RDS及HDF5等多種格式的數據上傳與預處理,能提高預處理的效率及經過處理的數據集的有效性。
本發明授權單細胞轉錄組數據預處理方法、電子設備及存儲介質在權利要求書中公布了:1.一種單細胞轉錄組數據預處理方法,其特征在于,所述方法包括:獲取用戶上傳的基于單細胞組學產生的第一數據集,所述第一數據集中的數據格式包括tsv格式、txt格式、csv格式、RDS格式及HDF5格式;在接收到預處理指令時,基于用戶設置的用于過濾細胞的指標數據,對所述第一數據集進行過濾,得到第二數據集,所述指標數據包括UMI計數的第一閾值范圍、特征基因計數的第二閾值范圍、線粒體基因百分比的第三閾值范圍和與β-action表達對應的第四閾值范圍;調用批效應消除工具,對所述第二數據集進行批效應消除,得到第三數據集;通過DoubletFinder工具,對所述第三數據集進行雙胞剔除,得到第四數據集,并將所述第四數據集作為經過預處理而得到的結果數據集;將所述結果數據集按預設類別進行分類統計,并對統計得到的分類結果進行頁面展示,其中,所述預設類別包括細胞數、特征基因數;其中,基于用戶設置的用于過濾細胞的指標數據,對所述第一數據集進行過濾,得到第二數據集,包括:基于用戶通過第一條形滑動按鈕設置的UMI計數的所述第一閾值范圍,濾除所述第一數據集中UMI計數未在所述第一閾值范圍內的數據;基于用戶通過第二條形滑動按鈕設置的特征基因計數的所述第二閾值范圍,濾除所述第一數據集中特征基因計數未在所述第二閾值范圍內的數據;基于用戶通過第三條形滑動按鈕設置的線粒體基因百分比的所述第三閾值范圍,濾除所述第一數據集中線粒體基因百分比未在所述第三閾值范圍內的數據;基于用戶通過第四條形滑動按鈕設置的與β-action表達對應的所述第四閾值范圍,濾除所述第一數據集中β-action表達未在所述第四閾值范圍內的數據,其中,在所述第一條形滑動按鈕、所述第二條形滑動按鈕、所述第三條形滑動按鈕以及所述第四條形滑動按鈕中,單個條形滑動按鈕不同長度對應不同的值;將經過UMI計數、特征基因計數、線粒體基因百分比和β-action表達過濾的第一數據集作為所述第二數據集;通過DoubletFinder工具,對所述第三數據集進行雙胞剔除,得到第四數據集,包括:通過所述DoubletFinder工具,從用戶預先上傳的單細胞數據中隨機融合產生人工的模擬雙胞;將所述模擬雙胞和所述第三數據集中的細胞進行混合,得到混合細胞數據;通過所述DoubletFinder工具中的PCA降維或者PCA距離矩陣,查找每個單元的artificialk最近鄰居pANN的比例,其中,所述每個單元為從所述混合細胞數據中劃分的一個bin,每個bin包括多個特征基因;基于預設的doublets數量進行所述混合細胞數據的排序,并確定pANN值的閾值;基于所述pANN值的閾值,從所述混合細胞數據中確定雙胞數據,并濾除所述雙胞數據。
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