恭喜中國科學(xué)院合肥物質(zhì)科學(xué)研究院王玉成獲國家專利權(quán)
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龍圖騰網(wǎng)恭喜中國科學(xué)院合肥物質(zhì)科學(xué)研究院申請的專利基于MMS_ResNet_1d模型的ERα拮抗劑的ADMET性質(zhì)預(yù)測方法獲國家發(fā)明授權(quán)專利權(quán),本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國家知識產(chǎn)權(quán)局授予,授權(quán)公告號為:CN114093414B 。
龍圖騰網(wǎng)通過國家知識產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-05-16發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉:該發(fā)明授權(quán)的專利申請?zhí)?專利號為:202111388314.X,技術(shù)領(lǐng)域涉及:G16B15/30;該發(fā)明授權(quán)基于MMS_ResNet_1d模型的ERα拮抗劑的ADMET性質(zhì)預(yù)測方法是由王玉成;馮志宏;葉曉東;王蕓;汪鳴明;趙娜娜;張石川;占文鋒設(shè)計研發(fā)完成,并于2021-11-22向國家知識產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請。
本基于MMS_ResNet_1d模型的ERα拮抗劑的ADMET性質(zhì)預(yù)測方法在說明書摘要公布了:本發(fā)明公開了一種基于MMS_ResNet_1d模型的ERα拮抗劑的ADMET性質(zhì)預(yù)測方法,分別以ERα拮抗劑化合物的n種ADMET性質(zhì)為因變量、以對應(yīng)化合物的m個分子描述符信息為自變量創(chuàng)建原始數(shù)據(jù),搭建Micro_Multi_Scale_resnet_1d深度學(xué)習(xí)模型迭代訓(xùn)練后得到最優(yōu)模型參數(shù),用于預(yù)測ADMET性質(zhì)的屬性。本發(fā)明能夠更加快速有效地對藥物性質(zhì)進行統(tǒng)計建模和預(yù)測,提高預(yù)測的準確性,從而在藥物開發(fā)的早期能減少藥理上不合適的化合物數(shù)量,節(jié)約時間和成本。
本發(fā)明授權(quán)基于MMS_ResNet_1d模型的ERα拮抗劑的ADMET性質(zhì)預(yù)測方法在權(quán)利要求書中公布了:1.一種基于MMS_ResNet_1d模型的ERα拮抗劑的ADMET性質(zhì)預(yù)測方法,其特征在于,包括以下步驟:S1:收集一系列作用于靶標ERα的拮抗劑化合物的n種ADMET性質(zhì)以及m個分子結(jié)構(gòu)描述符;以靶標ERα的拮抗劑化合物的m個分子描述符作為m個自變量,對m個自變量分別進行數(shù)據(jù)標準化操作后,得到特征數(shù)據(jù)記為:,表示第i個分子描述符的值;以二分類標準分別標定ERα拮抗劑化合物的n種ADMET性質(zhì),從而得到ERα拮抗劑化合物的總標簽,并通過獨熱編碼進行表示,記為因變量,其中,為第j種性質(zhì)的標簽,取值為0時表示負類,取值為1時表示正類;將特征數(shù)據(jù)X和因變量Y組合為數(shù)據(jù)集并劃分為訓(xùn)練集Dtrain和驗證集Dval;S2:搭建由一個數(shù)據(jù)輸入模塊、h個分支模塊和一個輸出融合模塊組成的MMS_ResNet_1d多尺度分類模型;S2.1:所述數(shù)據(jù)輸入模塊依次包括一個卷積層Conv1d、一個批歸一化層BatchNorm1d、一個激活函數(shù)層ReLU和一個最大池化層MaxPool1d,設(shè)置輸入數(shù)據(jù)的通道數(shù)為m,并將所述訓(xùn)練集Dtrain按照每批次的大小為bs輸入所述數(shù)據(jù)輸入模塊中,并輸出中間特征;S2.2:第a個分支模塊Routea由g個殘差塊疊加后連接一個自適應(yīng)池化層組成,且第b個殘差塊由前處理單元P_conv經(jīng)斷連機制與Shortcut單元連接而成;設(shè)置第b個殘差塊的內(nèi)置參數(shù)為strideb,;S2.2.1:所述第b個殘差塊Rb的前處理單元P_conv依次包括一個卷積層Conv1db1、一個前批歸一化層BN1d、一個ReLu激活函數(shù)層、一個卷積層Conv1db2、一個后批歸一化層BN1d,其中,卷積層Conv1db1的卷積核大小為、步長為、填充大小為,卷積層Conv1db2的卷積核大小為、步長為1、填充大小為;S2.2.2:所述殘差塊的Shortcut單元包含一個卷積核大小為1且步長為2的卷積層Conv1d和一個批歸一化層BN1d;S2.2.3:所述中間特征并行輸入h個分支模塊的第1個殘差塊中,經(jīng)過第a個分支模塊Routea的第1個殘差塊中的前處理單元P_conv和Shortcut單元的處理后,輸出卷積塊映射值和直連塊映射值,并由斷連機制判斷第1個殘差塊的內(nèi)置參數(shù)為stride1是否為“1”,若是,則將殘差映射值作為第1個殘差塊的輸出,否則,將殘差映射值作為第1個殘差塊的輸出,當(dāng)b=1時,;當(dāng)b=2,3,…,g時,第b-1個殘差塊輸出殘差映射值作為第b個殘差塊的輸入,并經(jīng)過第b個殘差塊的處理后輸出殘差映射值,從而由第g個殘差塊的輸出殘差映射值;S2.2.4:最后一個殘差塊Rg輸出的殘差映射值經(jīng)自適應(yīng)池化層處理后得到單尺度映射值并作為第a個分支模塊Routea的輸出;從而得到h個分支模塊輸出的多尺度映射值;S2.3:所述輸出融合模塊依次包括一個融合層Cat、一個展平層Flatten和一個全連接層Fc,其中,所述融合層Cat將按第二個維度進行拼接后再經(jīng)過展平層Flatten和全連接層Fc的處理,最終輸出神經(jīng)元映射值記為,其中,代表全連接層第j個神經(jīng)元輸出的映射值;S3:訓(xùn)練和選擇模型:S3.1:初始化學(xué)習(xí)率為lr、當(dāng)前迭代次數(shù)為epoch、最優(yōu)分類準確率為ACCmax、學(xué)習(xí)率調(diào)整迭代值t=0,設(shè)置調(diào)整周期閾值為tmax;S3.2:利用式1構(gòu)建二分類交叉熵損失L: 1式1中:代表將第j個神經(jīng)元映射值輸入sigmoid函數(shù)計算所得到的第j個性質(zhì)預(yù)測為正類的概率;S3.3:在第epoch次迭代中將訓(xùn)練集Dtrain按照每批次的大小為bs進行層歸一化處理后送入所述MMS_ResNet_1d模型中進行訓(xùn)練,并計算所述交叉熵損失L后求解m個通道的梯度,再利用基于學(xué)習(xí)率lr的Adam優(yōu)化器優(yōu)化梯度中的權(quán)重參數(shù),從而得到第epoch次訓(xùn)練的模型;S3.4:在第epoch次迭代訓(xùn)練后在驗證集Dval上按照每批次大小為bs對第epoch次訓(xùn)練的模型進行驗證,計算當(dāng)前第epoch次訓(xùn)練的模型的決定系數(shù)并作為評估指標,若ACCmax,則將賦值給ACCmax,并保存當(dāng)前第epoch次訓(xùn)練的模型的參數(shù),若≤ACCmax,則將t+1賦值給t后,判斷t=tmax是否成立,若成立,則將學(xué)習(xí)率lr調(diào)整為0.5lr;否則,保持學(xué)習(xí)率lr;S3.5:將epoch+1賦值給epoch后,返回步驟S3.3,直到?jīng)Q定系數(shù)不再提高時,停止訓(xùn)練并將最后一次訓(xùn)練的模型作為最優(yōu)分類模型F;S4:將待測試ADMET性質(zhì)的n種ADMET性質(zhì)輸入最優(yōu)分類模型F中,并輸出標簽預(yù)設(shè)的對應(yīng)性質(zhì)的屬性。
如需購買、轉(zhuǎn)讓、實施、許可或投資類似專利技術(shù),可聯(lián)系本專利的申請人或?qū)@麢?quán)人中國科學(xué)院合肥物質(zhì)科學(xué)研究院,其通訊地址為:230031 安徽省合肥市蜀山區(qū)蜀山湖路350號;或者聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)官方客服,聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網(wǎng)”。
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