恭喜浙江大學(xué)郭國驥獲國家專利權(quán)
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龍圖騰網(wǎng)恭喜浙江大學(xué)申請的專利一種單細(xì)胞的跨物種細(xì)胞類型鑒定方法獲國家發(fā)明授權(quán)專利權(quán),本發(fā)明授權(quán)專利權(quán)由國家知識產(chǎn)權(quán)局授予,授權(quán)公告號為:CN115064220B 。
龍圖騰網(wǎng)通過國家知識產(chǎn)權(quán)局官網(wǎng)在2025-05-16發(fā)布的發(fā)明授權(quán)授權(quán)公告中獲悉:該發(fā)明授權(quán)的專利申請?zhí)?專利號為:202210677411.9,技術(shù)領(lǐng)域涉及:G16B50/00;該發(fā)明授權(quán)一種單細(xì)胞的跨物種細(xì)胞類型鑒定方法是由郭國驥;張霈婧;孫慧宇;汪仁英;馬立楓;鄂唯高;王晶晶設(shè)計研發(fā)完成,并于2022-06-14向國家知識產(chǎn)權(quán)局提交的專利申請。
本一種單細(xì)胞的跨物種細(xì)胞類型鑒定方法在說明書摘要公布了:本發(fā)明公開了一種單細(xì)胞的跨物種細(xì)胞類型鑒定方法,屬于單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析領(lǐng)域。本發(fā)明整合了多個代表性物種的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組全圖譜,構(gòu)建了迄今為止最大的單細(xì)胞參考數(shù)據(jù)庫,包含無偏好性且覆蓋較為全面的多種細(xì)胞類型。本發(fā)明彌補(bǔ)了以群體基因表達(dá)數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)的細(xì)胞鑒定的缺陷和沒有標(biāo)準(zhǔn)參考數(shù)據(jù)庫的困擾,為跨物種分析提供數(shù)據(jù)支撐。通過同源基因比對、特征基因的提取和基因表達(dá)模式相似性的計算,本發(fā)明消除了不同測序平臺、不同物種乃至不同細(xì)胞類型間的單細(xì)胞數(shù)據(jù)測序深度的影響,在高正確率和快速運(yùn)算之間取得了平衡,并首次實(shí)現(xiàn)跨物種細(xì)胞類型的鑒定。本發(fā)明提供的方法對未知細(xì)胞類型鑒定及跨物種分析具有重要指導(dǎo)意義。
本發(fā)明授權(quán)一種單細(xì)胞的跨物種細(xì)胞類型鑒定方法在權(quán)利要求書中公布了:1.一種單細(xì)胞的跨物種細(xì)胞類型鑒定方法,其特征在于,包括以下步驟:1收集不同物種的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜數(shù)據(jù)集,根據(jù)數(shù)據(jù)集注釋信息對細(xì)胞類型進(jìn)行整理,統(tǒng)一命名方式和規(guī)則;2對不同物種單細(xì)胞圖譜數(shù)據(jù)的基因表達(dá)矩陣進(jìn)行RPKM標(biāo)準(zhǔn)化處理,獲得每個基因在不同細(xì)胞中的標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)數(shù)值;針對每個細(xì)胞類型,根據(jù)基因的標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)數(shù)值進(jìn)行差異基因表達(dá)分析,獲取每個細(xì)胞類型相較于其他細(xì)胞類型特異性高表達(dá)的特征基因;3對于每個物種,選取每個細(xì)胞類型前若干個差異表達(dá)基因,合并作為參考數(shù)據(jù)集使用的特征基因集,即為細(xì)胞類型參考數(shù)據(jù)庫;4待測數(shù)據(jù)集細(xì)胞類型的鑒定:4.1收集待測物種間已注釋的同源基因;對于待測物種間未知的同源基因,從公開數(shù)據(jù)庫中下載待測物種已注釋的基因編碼區(qū)域,或預(yù)測未知同源基因的編碼區(qū)域;輸入待測物種的基因編碼區(qū)域文件,預(yù)測待測物種的同源基因;4.2細(xì)胞類型相似性分?jǐn)?shù)計算:按照步驟2對待測數(shù)據(jù)集進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理;根據(jù)步驟4.1中物種間的同源基因,對待測數(shù)據(jù)集表達(dá)矩陣進(jìn)行同源基因轉(zhuǎn)換,獲得新的基因表達(dá)矩陣;基于查詢目標(biāo)物種的細(xì)胞類型參考數(shù)據(jù)庫中,提取特征基因集的表達(dá)值;計算待測數(shù)據(jù)集表達(dá)矩陣與細(xì)胞類型參考數(shù)據(jù)庫查詢目標(biāo)之間的細(xì)胞類型的相似性分?jǐn)?shù);依據(jù)每個細(xì)胞類型所包含的細(xì)胞信息,統(tǒng)計待測數(shù)據(jù)集中的細(xì)胞類型與細(xì)胞類型參考數(shù)據(jù)庫細(xì)胞類型間的相似性分?jǐn)?shù),將具有最高相似性分?jǐn)?shù)的細(xì)胞類型作為該待測數(shù)據(jù)集細(xì)胞類型的鑒定結(jié)果。
如需購買、轉(zhuǎn)讓、實(shí)施、許可或投資類似專利技術(shù),可聯(lián)系本專利的申請人或?qū)@麢?quán)人浙江大學(xué),其通訊地址為:310058 浙江省杭州市西湖區(qū)余杭塘路866號;或者聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)官方客服,聯(lián)系龍圖騰網(wǎng)可撥打電話0551-65771310或微信搜索“龍圖騰網(wǎng)”。
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